Add-PSSnapin SqlServerProviderSnapin100
Add-PSSnapin SqlServerCmdletSnapin100

$server="<servername>"
$scriptpath="<path of script file>"

cd SQLSERVER:\SQL\$server\DEFAULT\LinkedServers

$Scripter=new-object ("Microsoft.SqlServer.Management.Smo.Scripter") ($server)
$Scripter.Options.DriAll=$True
$Scripter.Options.IncludeHeaders=$True
$Scripter.Options.ToFileOnly=$True
$Scripter.Options.WithDependencies=$False

foreach ($Item in Get-ChildItem) {
$filename = $Item.ToString()
$filename = $filename.Replace("\","_")
$Scripter.Options.FileName=$scriptpath+$filename + ".sql"
$Scripter.Options.AppendToFile=$False
$Scripter.Options.ScriptDrops=$True;
$Scripter.Options.IncludeIfNotExists=$True;
$Scripter.Script($Item)
$Scripter.Options.ScriptDrops=$False;
$Scripter.Options.IncludeIfNotExists=$False;
$Scripter.Options.AppendToFile=$True
$Scripter.Script($Item)
}