Ah, right!
See these Options in the Smo.Transfer class.
$xfr.Options.DriAll = $true
$xfr.Options.DriForeignKeys = $true
$xfr.Options.DriUniqueKeys = $true
$xfr.Options.DriChecks = $true
$xfr.Options.DriUniqueKeys = $true
$xfr.Options.ClusteredIndexes = $true
$xfr.Options.NonClusteredIndexes = $true
then, call the script method on the transfer object:
$xfr.Script()